В 1968 году окончил Московское хоровое училище им. А. В. Свешникова и поступил на дирижёрско-хоровой факультет Московской консерватории им. П. И. Чайковского. Затем — работа в Фольклорной Комиссии Союза композиторов РСФСР и учёба в аспирантуре Государственного музыкально-педагогического института им. Гнесиных (1980—1982). В это время Евгений Сергеевич начинает активно интересоваться церковным пением и посещать богослужения. С 1981 года он поёт на клиросе, а с 1982 года — регент в московских храмах. Занимаясь регентской деятельностью, он обращает внимание на то, что на клиросах остро ощущается недостаток квалифицированных кадров, и в 1989 году основывает Московские православные регентские курсы. На базе этих курсов в 2006 году было образовано регентско-певческое отделение Православного гуманитарного института «Со-действие». Являясь бессменным руководителем, Е. С. Кустовский преподаёт там дирижирование, устав, богослужебную практику. С 2005 по 2010 годы он организует и принимает активное участие в работе Европейских регентских семинаров. Когда в 1996 году московский храм Трёх Святителей на Кулишках вновь открывается для богослужений, Евгений Сергеевич становится постоянным регентом хора этого храма.

На протяжении всей своей клиросной деятельности Е. С. Кустовский пишет различные церковные композиции, которые в большинстве своём имеют сугубо клиросное применение. В основе его композиций, характерной чертой которых являются ясность и простота гармонического языка, часто лежат старинные напевы и распевы. Значительная часть композиций Е. С. Кустовского написана для небольшого или неполного составов хора, что обусловлено современными особенностями клиросной практики. Используя свой многолетний опыт и отличное знание устава, Кустовский составил ряд богослужебных публикаций, предназначенных для клиросных хоров, подготовил и опубликовал практическое пособие для церковных регентов.

Сборники, составленные Е.С.Кустовским, и издания, содержащие его сочинения, опубликованные в нашем издательстве: